幻想三国志3主打的历史事件为《黄巾之乱》，有别于一般人对黄巾军的刻板印象，故事是用太平道的观点来看。本作也是幻想三国志系列作中首次战斗系统3D化的作品。
《幻想三国志3》特色
帝苑系统
关于帝苑：传说中央天帝黄帝，在昆仑山东北的槐江山顶，有一个美丽的花园“帝苑”。黄帝令槐江山神英招看守此处，自己则经常来此沉思并凝望着地界。
帝苑里面充满着许多不可思议的生物，并蕴含许多与天地同生、意义重大的神树，而帝苑北端连接东方天地的《是一棵赋予诸神最初神性的“莲无神树”。
为偿一段未了的心愿，黄帝决定投身地界。在转生前，黄帝将肉体沈睡于帝苑之下，希望藉由自己的躯体和帝苑的一切，继续支撑着中央原有的秩序与大地。
黄帝转生后，虽已为凡身，但透过梦境，神魂仍能与帝苑相通。而在帝苑看守的英招，则尽忠职守的守护帝苑，日复一日。
而在游戏中，帝苑的开发及运用，完全开放给玩家自由的操作及决策，想获得价值连城的宝物、罕世稀有的神兵，而或是扭转命运的安排，就全看玩家如何动脑筋培养及运用了。
在人间获得的物品可给帝苑中的七巧花积蓄灵气，当灵气积累到一定程度后，中利用化神树来变化世间各种奇物，每种奇物需要一定的媒介。在灵气达到400以上，用化神树→转化→书卷得到召唤英招，这样可以委托英招管理帝苑，可将帝苑升级，能够生成转化更多的奇珍异宝。
